اقصي بوتفليقة من السلطة اثر وفاة الرئيس هواري بومدين في كانون الاول/ديسمبر 1978، ولم يتول اي منصب سياسي منذ تموز/يوليو 1981. وفي كانون الثاني/يناير 1994 رفض تولي رئاسة الدولة التي منحت على الاثر الى اللواء اليامين زروال.

وبعد مرحلة تهميش عاد بوتفليقة وترشح الى الانتخابات الرئاسية في نيسان/ابريل 1999 مدعوما من الجيش وجبهة التحرير الوطني (الحزب الواحد سابقا).

وجد بوتفليقة نفسه مرشحا وحيدا بعد انسحاب منافسيه الستة عشية الانتخابات للاشتباه في عملية تزوير. ووجه له خصومه نفس الاتهام في الانتخابات الرئاسية التي جرت في نيسان/ابريل 2004.

عرف بوتفليقة بانه خطيب مفوه يتحدث بطلاقة باللغتين العربية والفرنسية وهو يحب تحية الحشود كما اشتهر بنوبات غضبه "المسرحية" التي تعود عليها الجزائريون الذين يحبون التعليق عليها.

وكثيرا ما يضفي على نظرته الصارمة ليونة بابتسامة ساحرة تعلوها عينان زرقاوين تبرقان من الذكاء. وفي بعض الاحيان ينتابه الغضب الشديد خلال زياراته التفقدية امام عدسات كاميرا التلفزيون العمومي.

يحب بوتفليقة التجوال في الجزائر العميقة التي جابها شرقا وغربا مترجلا وسط الهتافات ومزامير الفرق الفولكلورية.

ويتذكر الجزائريون بالخصوص بعض حركاته الرمزية مثل تسديده ركلة جزاء في ملعب لكرة قدم او نقاشه مع مصارعي الجودو او الملاكمة والقبلة الطويلة التي وضعها على جبهة عجوز، مع انه يسخرون من "القبلات الاربع" التي يستقبل بها جميع الزوار الاجانب.

ورغم انه تمكن من ارساء السلام في جزائر ادماها عنف التطرف الاسلامي لم يتمكن بوتفليقة من التصالح مع منطقة القبائل المتمردة (شرق العاصمة) حيث ادى مقتل طالب في مقر للدرك الى اندلاع اضطرابات من نيسان/ابريل الى حزيران/يونيو 2001 سقوط خلالها 126 قتيلا ومئات الجرحى.

وغذت معارضته الصريحة لاعلان التمازيغت (لغة البربر) لغة رسمية على غرار اللغة العربية استياء كبيرا في هذه المنطقة الجبلية الفقيرة التي قوبل فيها بفتور خلال زياراته النادرة اليها.

كان كاسترو يعد العدة للقيام بحملة انتخابية للفوز في أحد مقاعد البرلمان في انتخابات 1952، ولكن الجنرال باتيستا قام بانقلاب عسكري وأطاح بحكومة الرئيس سوكاراس ثم ألغى الانتخابات.
أقام كاسترو دعوى قضائية ضد الجنرال متهما إياه بخرق الدستور، ولكن المحكمة ردت الدعوى. وحين رأى كاسترو انه من المستحيل مواجهة الانقلابيين بسلطة القانون، نظّم فرقة مسلحة قوامها 165 رجلا وقام بهجوم للاستيلاء على المقاطعة الشرقية عام (1935)، ولكن الهجوم فشل فشلا ذريعا، فقتل أكثر من نصف المهاجمين والقي القبض على الناجين ومن بينهم كاسترو وأخوه راوول. وبقي الأخوان في السجن حتى صدور عفو عام سنة 1955.
حاول كاسترو عبثا مواجهة الحكم العسكري الديكتاتوري باعتماد الوسائل السلمية، فذهب إلى المكسيك حيث عمل على تنظيم الكوبيين المنفيين هناك في فرقة عسكرية سميت "حركة 26 تموز الثورية" تيمنا بتاريخ تأسيسها.

في الثاني من كانون الأول 1956 قامت الفرقة وعدد أعضائها 82 رجلا بهجوم على الشاطئ الشمالي للمقاطعة الشرقية، ولكن الهجوم مني بفشل كامل، ولم ينج إلا 12 من أعضائها، فانسحبوا بقيادة كاسترو إلى سلسلة جبال سيارا مايسترا حيث بدأوا حرب عصابات (غاريلا) ضد حكومة الجنرال باتيستا.
أحرزت حرب العصابات النجاح تلو النجاح، وراح عدد أنصار كاسترو يتزايد حتى قارب الألف رجل. وقد قاموا بهجومهم الشهير على هافانا ليلة رأس السنة (1959) حيث كان باتيستا يحتفل بالمناسبة في حفل ضخم. وسيطر الثوار على الوضع بسرعة مما اضطر الجنرال إلى الفرار من البلاد.
في 7 كانون الثاني 1959 اعترفت الولايات المتحدة بالحكومة الجديدة، وما أن حل شهر شباط حتى صار كاسترو رئيسا للحكومة، وبدأت الخلافات مع الولايات المتحدة تظهر إلى العلن.
أول تلك الخلافات كان بسبب قيام الحكومة الكوبية بمصادرة ممتلكات الأميركيين مقابل تعويضات بخسة (حسب رأي أميركا)، ولأنها كانت في معظمها ممتلكات لعصابات المافيا الأميركية التي نشطت في كوبا في الخمسينات، بالنظر إلى قربها الشديد من الولايات المتحدة، وعدم خضوعها لسلطة القانون الأميركي.

بحلول العام 1960 كانت معظم ممتلكات الأميركيين في كوبا قد أممت، فيما راحت الحكومة الكوبية تتقرب من الاتحاد السوفيتي وسواه من الدول الشيوعية، الأمر الذي أثار حفيظة أميركا فقطعت علاقاتها الدبلوماسية مع هافانا.
وقد تدهورت العلاقات فيما بعد عندما قام حوالي 1300 كوبي - أميركي بدعم من وكالة الاستخبارات المركزية الأميركية بالهجوم الفاشل على كوبا عبر خليج الخنازير (17 نيسان 1961).
كان في اعتقاد الاستخبارات الأميركية انه بمجرد بدء الهجوم سيقوم الشعب الكوبي كله بالتحرك للإطاحة بحكومة كاسترو، ولكن ذلك لم يحصل. بل على العكس من ذلك تماما قام أفراد الشعب بمواجهة الغازين جنبا إلى جنب مع قواتهم المسلحة.
وفي العام التالي (1962) حصلت "أزمة الصواريخ" الشهيرة والتي كادت تؤدي إلى حرب عالمية نووية. فقد اكتشفت الولايات المتحدة أن الاتحاد السوفيتي يزود كوبا بصواريخ بعيدة المدى، واعتبرت ذلك خطرا عليها وتهديدا لأمنها.
قام الرئيس الأميركي كينيدي بإصدار أوامره لمحاصرة كوبا بحرا وجوا. وقد دام ذلك الحصار إلى أن أصدر الزعيم السوفيتي نيكيتا خروتشيف أوامره بإزالة تلك الصواريخ. ولكن العلاقات الكوبية ـ الأميركية ظلت متوترة.

بعد أزمة الصواريخ صار كاسترو "ماركسيا ـ لينينيا" ملتزما، وعمل على "كوبنة" (جعله كوبيا بالكامل)، وصادر كل ممتلكات غير الكوبيين، وشجع المشاريع الزراعية الجماعية، وأدخل إصلاحات إدارية لما فيه فائدة المزارعين والعمال.
أدت تلك الخطوات إلى هجرة العديد من الكوبيين إلى فلوريدا، حيث شكلوا منظمات معادية لحكم كاسترو في ميامي، وهم لا يزالون يحاولون العمل على إسقاطه بكافة الوسائل.
من جهته، ساعد كاسترو العديد من الحركات الثورية في أميركا اللاتينية وأفريقيا.